Il primo orto botanico del mondo occidentale sorse a Salerno, ad opera di Matteo Silvatico, insigne medico della Scuola salernitana tra il tredicesimo ed il quattordicesimo secolo. Egli si distinse come profondo conoscitore di piante per la produzione di medicamenti. Di Matteo Silvatico è il Liber cibalis et medicinalis Pandectarum, preziosa raccolta di informazioni sui semplici, cioè sulle piante che venivano utilizzate per la produzione di medicamenti.

Nei Giardini della Minerva vennero, per la prima volta, coltivate e classificate una grande quantità di piante ed erbe, per studiarne a scopo scientifico le proprietà terapeutiche e medicamentose. Qui veniva svolta una vera e propria attività didattica per mostrare agli allievi della Scuola Medica le piante con il loro nome e le loro caratteristiche.

Il sito è dotato di un particolare microclima, favorito dalla scarsa incidenza dei venti di tramontana e dalla favorevole esposizione, che ancora oggi permette la coltivazione o addirittura la propagazione spontanea di specie vegetali esigenti in fatto di umidità e calore.

Documenti storici confermano che questo giardino fu il primo Orto botanico d’Europa per la coltivazione e raccolta dei semplici, vegetali a scopo terapeutico. La particolare tipologia di disegno e uso della vegetazione è stata poi ripresa anche nei successivi orti botanici di Padova, Pisa, Firenze, Pavia e Bologna.

Nel XVI secolo intensificandosi l’interesse per lo studio del mondo naturale, il duca Cosimo I de’ Medici volle un orto accademico per integrare le lezioni degli studenti della facoltà di medicina. La data ufficiale di fondazione può essere fissata il 1º dicembre 1545, data del contratto di affitto stipulato con delle suore domenicane che cedettero un loro pezzo di terreno situato in località “Cafaggio”, vicino alle stalle medicee di Michelozzo (oggi nell’Istituto Geografico Militare).

L’orto fiorentino può essere considerato il terzo più antico al mondo dopo l’Orto botanico di Pisa e l’Orto botanico di Padova.

Fu disegnato da Niccolò Tribolo e la scelta delle piante e la loro sistemazione fu curata da Luca Ghini. Il Giardino conobbe un periodo di grande splendore sul finire del secolo sotto la direzione di Giuseppe Casabona, in grado di arricchirlo di molte piante rare. Nel corso del XVII secolo, l’attività di Paolo Boccone e di altri botanici e giardinieri consentì al giardino una certa autonomia, nonostante che l’Orto botanico di Santa Maria Nuova e l’Orto botanico di Pisa svolgessero un ruolo scientifico di ben maggiore rilevanza.

Fu il grande botanico Pier Antonio Micheli che, agli inizi del Settecento, rese il giardino un centro di studio e ricerca botanica di rilevanza internazionale, grazie alle sue numerose relazioni con studiosi stranieri. Fondò nel 1716 la Società Botanica Italiana come ricorda la targa all’angolo con via Micheli. Fu nel 1718 che fu chiamato da Cosimo III a dirigere l’Orto Botanico. Inoltre curò moltissimo anche la raccolta di semi e campioni secchi.

Alla morte del Micheli, nel 1737, gli successe Giovanni Targioni Tozzetti e quindi Saverio Manetti, autore del primo Index seminum. Passato all’Accademia dei Georgofili nel 1783, dopo la soppressione della Società Botanica, il giardino fu trasformato in “Orto sperimentale agrario” e ridisegnato radicalmente dall’abate Leonardo Frati.

Divenuto nuovamente “Giardino dei semplici” nel 1847, sotto la direzione di Antonio Targioni Tozzetti, nel 1864 venne aperto al pubblico. Il botanico Teodoro Caruel, direttore dal 1865 al 1895, fece costruire le serre tuttora esistenti. Sul finire del secolo passò al Regio Istituto di Studi Superiori, divenuto poi facoltà universitaria, riunendo il settore botanico del museo di storia naturale di via Romana e le collezioni del Giardino di Boboli.

Il giardino è stato gravemente danneggiato dalla tempesta di grandine del 19 settembre 2014: si stima che il 90% del patrimonio arboreo si andato perduto o danneggiato, compromettendo anche gran parte delle serre.